科学出书社期刊出书前史悠远持久，建社之初，即出书期刊35种。通过60年的开展，现在形成了由270种期刊组成的掩盖27个省市的科技期刊集群，被誉为我国科技期刊出书的“国家队”。这些期刊中有22种当选国家新闻出书广电总局2013年“百强科技期刊”；43种被SCI录入，占全国被录入总数的23%；42种被EI录入，占全国被录入总数的19%。
科学出书社的期刊事务分为三大板块，包含以北京中科期刊出书有限公司（下文简称中科期刊）和北京科爱森蓝文明传达有限公司（下文简称科爱公司）为代表的科技期刊集群出书与服务，以我国科学杂志社为代表的《我国科学》《科学通报》及《国家科学谈论》等高端学术期刊出书，以科学国际杂志社为代表的《科学国际》等群众科普期刊出书。各板块之间既独立运营，又统筹协作，在总体目标和开展定位的指导下，专业协同，资源会集，持续开展。
科学出书社于2010年出资组建了中科期刊，专门从事科技期刊修改出书、经营管理、修改训练、期刊营销等事务，一起也成为“国家科技期刊出书基地”的运营主体。
为习惯国际科技期刊出书数字化的开展的新趋势，自2007年以来，先后完成了期刊协同修改渠道、DOI作业渠道、我国科学院科技期刊敞开获取渠道等一批数字出书项目建造。
科爱公司是科学出书社与爱思唯尔出书集团注册建立的一家合资公司，原以图书事务为主。为习惯全球出书商场的改变，于2013年7月做调整。转型后的科爱公司致力于为我国的英文版科技期刊供给修改出书服务，为科技期刊和科研组织供给点评与信息剖析等相关事务，以建立我国科技期刊“走出去”开展渠道。
《我国科学》系列期刊与《科学通报》（以下简称“两刊”）由我国科学院和国家自然科学基金委员会一起主办，是我国学术期刊中的知名品牌。作为新我国科学开展的产品和见证，“两刊”为推进我国科学技术开展、促进国际学术沟通，为我国科研人员在国际上占有一席之地，作出了活跃和重要的奉献，得到了国内外科技界的高度点评和注重。
“两刊”的出书单位《我国科学》杂志社是我国第一家转制的科技类学术期刊出书单位。
“两刊”曾接连三次取得国家期刊奖。2009年年末，被我国期刊协会评为“新我国60年有必定的影响力的期刊”；2010年，《科学通报》荣获第二届“我国出书政府奖”期刊奖；2013年，《科学通报》连任第三届“我国出书政府奖”期刊奖，并在同年与《我国科学：化学》（英文版）当选“百强科技期刊”。
2014年3月，一本全新的学术期刊National Science Review（NSR，《国家科学谈论》）正式出书，这是科学出书社捉住机遇，遵从期刊开展规律，紧跟学科开展动态，当令兴办的我国第一份英文版总述性期刊。
科学出书社充沛的发挥归纳品牌影响力，依托《科学国际》杂志社、科海新世纪书局等专业出书组织，出书了《科学国际》《我国国家旅行》《阿阿熊》《互联网周刊》等群众品牌期刊，提升在群众商场的知名度和美誉度，创立国内有较强商场影响和竞争力的规模化科普与群众期刊集群。2013年，《科学国际》荣获第三届“我国出书政府奖”期刊奖。
未来科学出书社的期刊工作，要建成一个以“两刊”和《国家科学谈论》等为要点品牌，以《我国科学》杂志社和中科期刊公司为渠道，具有高度出产集约化、渠道数字化、营销商场化、沟通国际化、人才专业化的我国科技期刊出书“旗舰”，引领我国科技期刊扬帆远洋，为我国科技期刊走向国际作出奉献。
